Закрытое учебное заведение в селе Новоалексеевканачало свое становление в 1991 году. Священник Алексей Василенко решил восстановить старинный монастырь и подворье. Одновременно начал заниматься делами безнадзорных детей. «Обитель» во многом позаимствовала принципы устройства у известного педагога Антона Макаренко. Воспитанники и коллектив педагогов непрерывно трудятся – учатся, преподают, работают в подсобном хозяйстве, обеспечивая обитель молочными продуктами и овощами.
Сейчас пустынь – скорее закрытая православная гимназия, в которой учатся дети из состоятельных семей и дети, ранее бывшие безнадзорными или осиротевшие. В пустыни собран уникальный педагогический коллектив, есть музей, коллекциям которого может позавидовать любой город, картинная галерея, и огромная уникальная библиотека.
Воспитанникам разрешается читать книги и заниматься разнообразным рукоделием, музыкой, танцами, живописью и другими видами творчества. А вот телевизор, интернет и мобильная связь воспитанникам доступны лишь в каникулы, вне школьных стен.
С 2001 года при гимназии существует кадетский корпус.
